La Secundaria está dividida en Pre-Media o Middle School y Media o High School. Es la etapa de cambios importantes en el desarrollo volitivo del estudiante. Esta sección está conformada por los grados de séptimo a duodécimo, con niños entre los 12 y 18 años.
El diseño didáctico está fundamentado en el enfoque del aprendizaje basado en proyectos, desarrollando así, un proceso coherente con el modelo pedagógico de la institución. En la Secundaria, se enriquece su competencia lingüística al sumarse el aprendizaje del idioma Francés, que los hacen más competentes para un mundo globalizado.
Los entornos de autonomía empiezan a jugar un papel fundamental en el desarrollo académico del estudiante. La voz crítica, la negociación con sus pares y la habilidad para resolver problemas son constantes en su entorno. Es un periodo marcado por importantes cambios físicos, emocionales que son de alguna manera abruptos para el niño o niña, por los cambios hormonales que está viviendo. Su grupo de amigos es esencial, sustituyendo en algunos momentos la relación principal con la familia.
En esta última etapa del programa escolar, se fomenta la inmersión de los estudiantes en una situación que los involucra e interesa indagar o dar solución a través de la identificación de aspectos que se tienen o se ignoran sobre el mismo; esto implica el desarrollo de las competencias del siglo XXI tales como resolución de problemas, creatividad, comunicación, trabajo en equipo, colaboración y pensamiento crítico, entre otros. Así mismo, los estudiantes investigan respecto de una problemática, analizan alternativas de solución y diseñan un producto final para mostrar su proyecto a una audiencia. Es una etapa de aprendizaje de argumentación crítica, en la cual analizan situaciones de su entorno desde una perspectiva teórica, proponen y evalúan situaciones utilizando los recursos tecnológicos.
